این آیین‌نامه بر اساس توافقنامه‌ای میان وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری و در راستای حمایت از نخبگان پزشکی و دندانپزشکی در 13 ماده و 13 تبصره تدوین و به تصویب شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی رسیده است. بر اساس این توافقنامه مقرر شده تا برنامه پزشک پژوهشگر طراحی شود. این برنامه بالاترین فرصت تحصیلی آموزش عالی در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی بوده که به پزشکان و دندانپزشکان برتر تعلق می گیرد تا علاوه بر آموزش بالینی در مقاطع تخصص، فوق تخصص و فلوشیپ، در یک زمینه خاص تحقیقاتی مربوط به رشته بالینی خود آموزش دیده و مدرک نیز دریافت کنند. هدف از ایجاد این برنامه کمک به رشد آکادمیک پزشکان و دندانپزشکان کشور و کاستن از روند مهاجرت نخبگان به خارج از کشور است.محور اصلی فعالیت‌های برنامه پزشک پژوهشگر، کسب دانش و مهارت های بالینی و پژوهشی به طور همزمان و هدفمند در یک حیطه خاص از علم پزشکی است.داوطلبان ورود به برنامه پزشک پژوهشگر بر اساس توانایی بالقوه در رهبری، تحقیق، آموزش، نوآوری، تفکر انتقادی و تحلیلی، بصیرت علمی، کیفیت و کمیت بازده تحقیقاتی، علاقه و تعهد ملی، نیاز دانشگاه و مراکز تحقیقاتی، کیفیت پروژه مورد نظر و امکانات موجود برگزیده می‌شوند.